Pusat Jaminan Kualiti (Pusat Penjaminan Kualiti, PPQ) telah ditubuhkan pada 1 Oktober 2001, dimulakan oleh Naib Canselor, Profesor Dato’ Dr.Ir. Mohd Noor b Haji Salleh, dengan kelulusan daripada Lembaga Pengarah. Pusat itu di bawah seliaan Timbalan Naib Canselor Akademik dan Profesor Dato’ Dr Isahak Haron dilantik sebagai pengarah pertama.

Pada 1 November 2003, Prof Madya Mohd Taib Ariffin telah dilantik sebagai PPQ kedua menggantikan pengarah pertama yang tamat kontrak pada 31 Oktober 2003. Selaras dengan keperluan antarabangsa, PPQ telah mengambil langkah untuk mendapatkan pensijilan MS ISO 9001: 2000. Langkah awal ialah menganjurkan bengkel mengenai MS ISO 9001:2000 kepada semua staf akademik. Disebabkan keadaan kesihatan, Prof Madya Mohd Taib Ariffin meletakkan jawatan dan jawatan itu digantikan oleh Prof Madya Dr. Nagendralingan Ratnavadivel berkuat kuasa 1 Julai 2004.

Sehingga kini, BPAQ dikendalikan di bawah pengarah, tiga penyelaras, penolong kanan pendaftar, penolong pendaftar, pegawai ICT, pembantu ICT dan empat pembantu tadbir.